黄晓晓于2011年5月入职某企业工作，经双方协商一致，由企业每月向黄晓晓发放相应社会保险补贴，企业不再承担为黄晓晓缴纳社会保险费的义务，黄晓晓签了《个人申请书》、《劳动合同书》及补充协议。

2019年5月，黄晓晓离职，之后，黄晓晓就社会保险等相关事宜申请仲裁。

2019年12月，企业申请仲裁要求黄晓晓返还50400元社会保险补贴，仲裁委不予受理。

企业不服该仲裁结果，诉至法院。

法院认为， 缴纳社会保险费是用人单位和劳动者的法定义务，用人单位以发放社会保险补贴的形式代替为劳动者缴纳社会保险费义务的，违反法律规定，应属无效合同。

用人单位应承担为劳动者缴纳社会保险费义务，但其向劳动者发放的社会保险补贴，劳动者应予以返还。

本案中，经黄晓晓申请，双方协商一致，企业每月向黄晓晓发放相应社会保险补贴，企业不再承担为黄晓晓缴纳社会保险的义务。

而已发生法律效力的仲裁裁决，已经要求企业承担相应补缴社会保险费义务。

因此，基于合同无效的法律后果以及公平原则，黄晓晓应当将企业向其发放的社会保险补贴予以返还。

本案中，2012年7月至2019年5月期间，企业向黄晓晓发放社会保险补贴共计50400元。但在企业向黄晓晓发放的工资中，部分月份扣除社会保险补贴后，已低于当时的当地最低工资标准，经核算其差额共计为13460元。

因此，考虑到上述法律规定以及不增加当事人诉累的原则，该差额部分应当在黄晓晓返还的社会保险补贴中予以扣除。故黄晓晓应当向企业返还社会保险补贴36940元。

综上所述，法院判决黄晓晓返还社会保险补贴36940元。