尽管综合计时工作制下劳动者工作时间不宜以日计算，需要分别以周、月、季为周期，综合计算工作时间长度。

但员工工作时长超过每周或每月、每季度法定综合最高时长的，超出部分需要另外计算加班费。

原劳动部对广州市劳动局《关于职工工作时间有关问题的复函》（劳部发〔1997〕271号）第七条指出：实行综合计算工时工作制的企业，在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数超过该周期的法定标准工作时间总数，超过部分应视为延长工作时间。

《工资支付暂行规定》第十三条第三款规定：经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按本规定支付劳动者延长工作时间的工资。

但应当注意：在实行综合工时制下，劳动者想获得加班工资是有前提条件的，即在综合计时周期内，劳动者的实际工时总数超过该周期的标准工时间总数。

超过部分的工时应视为延长工作时间，单位要按规定支付职工延时加班费。

实践中关于周期性综合计时算法略有不同，以算法下仅做参考：

1、每周工作时间不超过40小时；

2、每月工作时间不超过20.83天/月×8小时/天=166.64小时；

3、每季度工作时间不超过250天/年÷4季/年×8小时/天=500小时/季；

4、每年度工作时间不超过250天/年×8小时/天=2000小时/年。

根据最高人民法院《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》，因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生的劳动争议，用人单位负举证责任。

因此，劳动者主张加班费，需要提供证据证明自己加班。

《劳动争议调解仲裁法》第6条明确规定：发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。

劳动者如果有证据证明考勤记录在用人单位手里的，方才可以向法院提出要求用人单位提供考勤记录。