根据《关于农民工参加工伤保险有关问题的通知》的规定，农民工发生工伤，企业职工工作地与企业注册地不一致的，按以下方式确定申请工伤的地方：

企业注册地与生产经营地，即职工工作地不在同一统筹地区的，原则上在注册地参加工伤保险；企业未在注册地参加工伤保险的，应该在生产经营地参加工伤保险。

职工受到事故伤害或患职业病后，在企业参保地进行工伤认定、劳动能力鉴定，并按参保地的规定依法享受工伤保险待遇；用人单位在注册地和生产经营地均未参加工伤保险的，职工受到事故伤害或者患职业病后，在生产经营地进行工伤认定、劳动能力鉴定，并按生产经营地的规定，依法由用人单位支付工伤保险待遇。

工伤职工不是农民工，而企业注册地和职工工作地不一致的，需要根据各省市具体规定来确定申请工伤的地点。

比如，江苏省和广州市劳动保障部门的有关规定与《关于农民工参加工伤保险有关问题的通知》的规定相同，即如果企业在注册地和生产经营地均未参加工伤保险的，应在职工的工作地即企业生产经营地申请工伤认定、确定与支付相关工伤保险待遇。

而上海市2012年2月发布的《关于规范本市劳务派边用工管理的若干意见（试行）》明确规定：“劳务派遣用工行为发生在本市的，劳务派遣单位和用工单位应当依法为劳务派遣员工办理社会保险登记，并按照本市标准，在本市缴纳社会保险”，这意味着，只要用工行为在上海市，无论派遣单位在哪里，派遣员工的工伤保险办理缴纳与工伤认定都必须在上海市。

用人单位或用工单位不为员工申请工伤认定的，工伤职工或近亲属可以在法定时效内，自行向有管辖权的社会保险行政管理部门申请。